استانکو برای اولین بار پس از ناکامی فوتبال ایران در رقابت های مقدماتی جام جهانی 1994 در کشور قطر به عنوان سرمربی به ایران آمد، در حالی که سابقه هدایت کوتاه مدت تیم ملی کرواسی را نیز داشت.

استانکو در نوسازی تیم ملی در بازی های آسیایی  1994 هیروشیما چندان موفق نبود و البته بدشانسی بزرگی مثل مصدومیت علی دایی و اشتباهات متوالی بهزاد غلامپور در دروازه منجر به حذف تیم ملی در مرحله مقدماتی شد. با این حال امیر عابدینی که اعتقاد زیادی به استانکو داشت، بعد از جدایی از فدراسیون فوتبال، به عنوان مدیرعامل پرسپولیس او را جایگزین یورگن گده آلمانی کرد و استانکو دو قهرمانی متوالی برای پرسپولیس به ارمغان آورد. در حالی که تیم فوق العاده اش بدنه تیم فوتبال ایران در مسابقات جام ملت های آسیا در سال 1996 را ساخته بود.

استانکو پس از موفقیت های فوق العاده با پرسپولیس از این تیم جدا شد و بعدها در دو، سه نوبت دیگر به عنوان سرمربی سپاهان و داماش به ایران بازگشت اما موفق به تکرار موفقیت های گذشته نشد. او در کشورهایی مثل بوسنی، اسلوونی و مجارستان نیز مربیگری کرده و از مشهور ترین مربیان کروات به شمار می آید.

شاگردان استانکو در پرسپولیس که بسیاری از آنها در تیم 1996 درخشیدند، فوتبال خود را مدیون این سرمربی بلند قامت و پرهیجان هستند. همچنین محرم نویدکیا اسطوره سپاهان هم در زمان مربیگری استانکو در اصفهان به فوتبال ایران معرفی شد. او علاقه مند به استفاده از جوان ها و فوتبال تهاجمی با 3 فوروارد در خط حمله بود و البته در دوران اول حضورش در ایران مشکلات زیادی با ستاره های پابه سن گذاشته فوتبال ایران و پرسپولیس داشت. مهم ترین بازی استانکو در پرسپولیس پیروزی 5 گله سرخپوشان مقابل آلمای قزاقستان پس از باخت سه گله در خاک این کشور است.